《规程》中计算各月平均权益投资的账面金额和会计报表上的所有者权益账面投资金额是存在一定差别的。根据《规程》第八十六条规定：税收上的权益投资的账面余额应按如下方法确定：

　　1、在盈余公积和未分配利润之和大于零的情况下，税收上的权益投资为企业资产负债表所列示的所有者权益金额。

　　2、在盈余公积和未分配利润之和小于零，但资本公积和实收资本项目均大于零的情况下，所有者权益就小于实收资本（股本）与资本公积之和，此时税收上的权益投资为实收资本（股本）与资本公积之和。

　　3、如果盈余公积和未分配利润之和小于零，且资本公积也小于零，此时实收资本（股本）与资本公积之和小于实收资本（股本）金额，则税收上的权益投资为实收资本（股本）金额。

　　二、非关联方借款利息扣除计算的原则

　　对于向非关联方支付的利息支出的扣除，企业只要遵循《企业所得税法实施条例》第二十七条和第三十八条的规定进行相关性和合理性审核，符合相关性和合理性的利息支出就可以在税前扣除。重点关注的是非金融企业向非金融企业借款的利息支出，只有不超过按照金融企业同类同期贷款利率计算的部分允许在税前扣除。

　　三、关联方借款利息扣除计算的原则

　　对于企业向关联方借款的利息支出，我们应按如下图表的步骤来确认关联方利息支出税前扣除的金额。

　　第一步：进行相关性审核。对于企业向关联方借款发生的利息支出，只有与企业取得的收入是直接相关的，才允许税前扣除。不相关的部分，首先在第一步就要进行纳税调整。

　　第二步：对于符合相关性的关联方借款利息支出，进行第二步的合理性审核。这里的合理性审核是一个大的原则。独立交易原则和防范资本弱化的债资比例审核都是合理性审核的内容。在合理性审核的大原则上，我们对于关联方利息支出审核又分两步进行：

　　第一：利息支出水平的合理性审核。在这一步，我们应对企业向关联方支付的利息支出水平是否合理首先进行审核。其中，对于利息部分，重点是审查是否符合《企业所得税法实施条例》第三十八条的规定，特别是向非金融企业借款的利率水平是否超标。其次，是对企业向关联方支付的其他利息性质的费用是否符合《企业所得税法》第四十一条的独立交易原则，不符合的也要进行纳税调整。

　　第二：对于合理水平部分的利息支出，我们再进行防范资本弱化的债资比例审核。

　　首先，对于符合121号文第一条债资比例部分的利息支出，准予税前扣除。

　　其次，超过标准部分的利息支出，按照实际支付给各关联方利息占关联方利息总额的比例，在各关联方之间进行分配：

　　①对于分配给境内关联方的利息支出部分，企业如果能够按照税法及其实施条例的有关规定提供相关资料，并证明相关交易活动符合独立交易原则的，或者该企业的实际税负不高于境内关联方的，超过标准的利息支出允许扣除。不符合上述条件的，超标部分的利息支出不允许扣除。

　　②对于分配给境外关联方利息支出部分，应视同分配的股息,按照股息和利息分别适用的所得税税率差补征企业所得税，如已扣缴的所得税税款多于按股息计算应征所得税税款，多出的部分不予退税。

　　这里有两个问题需要说明：

　　（一）121号文所说的“符合独立交易原则”或“该企业的实际税负不高于境内关联方”，这两个条件不是对立的。“独立交易原则”是一个大原则，“该企业的实际税负不高于境内关联方”只是证明其交易符合独立交易原则的一个条件。即如果该企业的实际税负不高于境内关联方，境内关联方通过高债资比例进行避税的动机就不存在了，在这种情况下，我们对于独立交易原则的判断就相对简单，即只要该企业的实际税负不高于境内关联方，我们一般就认为他们的交易是符合独立交易原则。如果该企业的税负高于境内关联方，他们就存在通过高债资比例进行避税的动机。在这种情况下，我们就要求企业根据《规程》第八十九条规定提供相关资料，来证明虽然该企业的税负高于境内关联方，但这样一个高的债资比例仍是符合独立交易原则的。

　　（二）对于“直接或间接实际支付给境外关联方的利息应视同分配的股息,按照股息和利息分别适用的所得税税率差补征企业所得税，如已扣缴的所得税税款多于按股息计算应征所得税税款，多出的部分不予退税。”这条规定主要有两种考虑：一是按照协定和独立交易基本原则要求，避免将协定变为有关逃避税的庇护伞，即协定只解决正常交易的重复征税问题，不保护不符合独立交易原则的部分关联交易，二是操作要求，征税是相对容易的，补税亦然，但退税比较麻烦，同时，给予退税，等于给了关联交易一个公平的待遇，通过不予退税，则限制了关联交易的某部分交易的公平性，这是一种惩戒，就是要加大其风险。